(一)我国法与法之间的协调不够
随着财政支出预算的日益刚化，出现了预算法与其他法不协调的现象。《预算法》明确规定：“地方各级预算按照量入为出、收支平衡的原则编制，不列赤字”，但是我国的《教育法》、《农业法》、《科技进步法》等其他法律、法规对教育、农业、科技等投入在财政支出中所占比重都有明确的规定。在地方当年新增财政十分有限的情况下，财政部门往往处于两难的境地。按照上述的法律、法规计算，每年增加用于农业、教育、科学等方面的支出，已超过当年地方财政新增加的财力。在这种情况下，要求财政部门安排的预算既要符合这些法律、法规的规定，又要保证社会公共事业发展所需资金和行政事业单位的正常运行，还要实现《预算法》规定的财政平衡，实在困难。
(二)《预算法》中的法律责任规定过于简单，责任不明、惩治不严，法律约束力弱，影响其贯彻和执行
预算活动的每一环节都直接涉及财政资金的分配和运动，因此，预算管理的每一个环节都有着重大的责任。但《预算法》对法律责任规定得太少，面太窄，起不到真正约束的作用。对许多情况下不执行《预算法》的单位或个人，因没有相应的法律责任规定而无法追究。因此，《预算法》实施以来，不按《预算法》规定办事的情况时有发生，使《预算法》形同虚设。