適用的主體不同
用合同及勞動合同的主體一般均為單位和個人。但是，“單位”及“個人”的範圍在不同合同中有不同的界定。聘用合同中的單位(在聘用合同中稱為聘用單位)僅指事業單位，不包括按照國家公務員制度進行人事管理以及轉製為企業的事業單位。聘用合同中的個人(在聘用合同中稱為受聘人員)僅指通過聘用合同與事業單位(除按照國家公務員制度進行人事管理以及轉製為企業的事業單位外)建立聘用關係的勞動者。此外，聘用合同中引入了迴避制度，對受聘人員的範圍及崗位作了特殊要求，即受聘人員凡與聘用單位人員有夫妻關係、直系血親關係、三代以內旁系血親或者近姻親關係的，不得被聘用從事該單位負責人員的祕書或者人事、財務、審計、紀檢監察崗位的工作，也不得在有直接上級領導關係的崗位工作。鑑於首次在事業單位實行聘用合同制的實際，聘用合同製出於盡可能維護聘用單位人事管理上的穩定性的目的，還實行了本單位應聘人員優先制度，即聘用單位應優先從本單位現有人員中選聘，面向社會招聘的，同等條件下本單位應聘人員優先。
勞動合同中的單位(在勞動合同中稱為用人單位)是指在我國境內的企業、個體經濟組織(含個體工商戶、民辦非企業單位)以及實行企業化管理的事業單位、通過勞動合同與工勤人員建立勞動關係的國家機關、事業單位、社會團體等。勞動合同中的個人(在勞動合同中稱為勞動者)僅指通過勞動合同與用人單位建立勞動關係的人員。我國勞動法律法規對勞動者範圍未作有關回避、優先等方面的要求，勞動合同中的用人單位享有的用人自主權較聘用合同中的聘用單位更為充分。另外，無論是聘用合同中的受聘人員還是勞動合同中的勞動者，均不包括國家公務員、比照實行公務員制度的事業單位和社會團體中的工作人員、現役軍人等。
合同的內容和形式不同
聘用合同以合同期限、工作內容或工作崗位及職責、勞動紀律、勞動保護和勞動條件、勞動報酬、合同變更和終止條件、違約責任等為必備條款。同時，還允許合同當事人雙方協商約定試用期、培訓、智慧財產權保護、解聘的提前通知時限等條款。勞動合同法定的必備條款除了包括聘用合同的上述必備條款外，還包括社會保險條款。另外，在合同形式上，聘用合同要求使用北京市人事局統一制定的格式文字，勞動合同在文字格式上未作統一要求。
合同的期限不同
聘用合同的期限分為短期、中長期和完成一定的工作為期限。其中短期為3年以下。中長期以及完成一定工作為期限的合同最長不得超過應聘人員達到國家規定的退休年齡的年限。勞動合同期限分為有固定期限、無固定期限和以完成一定的工作為期限，對合同的最短期限為多長則無限定。由此可見，在合同期限上，勞動合同較聘用合同更為寬泛。
另外，兩者雖然都允許當事人雙方協商約定試用，但是，勞動合同試用期的約定必須與合同期限的約定相對應。即勞動合同期限在6個月以內的，試用期不得超過15日;勞動期限在6個月以上1年以內的，試用期不得超過30日;勞動合同期限在1年以上2年以內的，試用期不得超過60日;勞動合同期限在2年以上的，試用期不得超過6個月。聘用合同試用期只適用於聘用新調入的人員。事業單位接收的初次復員、轉業軍人簽訂聘用合同時不得約定試用期。同時，試用期一般不超過3個月，最長不得超過6個月。被聘用人員為大中專應屆畢業生的，試用期可以延長至12個月。
訂立期限至退休合同的條件不同
期限至退休合同是指單位與個人為建立聘用關係或勞動關係而簽訂的、期限至個人達到國家法定退休年齡的聘用合同或勞動合同。在聘用合同制中稱為“聘用至退休的合同”，在勞動合同制中稱為“無固定期限的合同”。聘用單位與受聘人員簽訂聘用至退休的聘用合同必須同時符合下列條件：
(1)受聘人員在本單位工作已滿25年或者連續工齡已滿10年;
(2)受聘人員年齡距國家規定的退休年齡已不足10年;
(3)受聘人員本人提出訂立聘用至退休合同申請。
用人單位與勞動者簽訂無固定期限勞動合同必須同時具備的條件是：
(1)勞動者在同一用人單位連續工作滿10年以上;
(2)當事人雙方均同意續延勞動合同;
(3)勞動者本人向用人單位提出訂立無固定期限勞動合同的申請。
合同的管轄不同
合同的管轄包括兩個方面：一是對無效合同的認定;二是對合同爭議的受理。聘用合同的無效，由人事爭議仲裁委員會或者人民法院確認。因訂立、履行聘用合同而發生爭議的，當事人可向上級行政主管部門申請調解和處理或者向人事爭議仲裁委員會申請仲裁，仲裁結果對爭議雙方具有約束力，即“一裁終審”。勞動合同的無效由勞動爭議仲裁委員會或人民法院確認。因訂立、履行勞動合同而發生的爭議，當事人應當先向有管轄權的勞動爭議仲裁委員會申訴，對勞動爭議仲裁委員會的裁決不服的，可在規定的期限內向有管轄權的人民法院起訴，即“一裁二審”。無論是人事爭議的“一裁終審”還是勞動爭議的“一裁二審”，筆者認為兩者在體現效率、公平方面各有所長，筆者在此不作評說。但值得一提的是，聘用合同制在無效合同的認定上，引入了訴訟的解決途徑，這較以往人事爭議的“內部解決”模式，更體現了民主性、公正性。
合同訂立的強制性不同
無論是聘用合同還是勞動合同的訂立都必須遵循平等、自願、協商一致的原則。但是聘用合同的訂立還有一定的強制性。主要表現在：事業單位開始試行聘用合同制時，下列幾類人員未經單位同意不得拒絕簽訂聘用合同，即：
(1)國家和市、區、縣重點科研單位的主要負責人、業務骨幹或者擔任本單位重大(重點)工作(工程)尚未完成的;
(2)從事涉及國家祕密工作或者曾從事國家祕密工作，在規定保密期內的;
(3)在本單位重要崗位任職或者從事特殊行業、特殊工種，離職後對本單位利益造成重大損害的。勞動合同則無此項強制性規定。
合同解除的條件不同
在聘用合同制下，聘用單位可隨時單方面解除聘用合同的情形有：
(1)在試用期內不符合本崗位要求又不同意調整其他工作崗位的;
(2)連續曠工超過10個工作日或者1年累計曠工超過20個工作日的;
(3)未經聘用單位同意，擅自出國或者出國逾期不歸的;
(4)違反工作規定或者操作規程，發生事故或者失職、瀆職，造成嚴重後果的;
(5)嚴重擾亂工作秩序，致使聘用單位、其他單位工作不能正常進行的;
(6)被判處有期徒刑以上刑罰收監執行的，或者被勞動教養的。
聘用單位可單方面解除聘用合同，但應當履行提前30日書面告知義務的情形有：
(1)受聘人員患病或者非因工負傷，醫療期滿後，不能從事原工作或由聘用單位安排的其他工作的;
(2)受聘人員年度考核或者聘期考核不合格，又不同意聘用單位調整其工作崗位，或者到新的崗位後考核仍不合格的;
(3)聘用合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使合同無法履行，經當事人協商不能就變更聘用合同達成協議或受聘人員不服從另行安排的工作的。
在勞動合同制下，用人單位可隨時單方面解除勞動合同的情形有：
(1)在試用期被證明不符合錄用條件的;
(2)嚴重違反勞動紀律或者用人單位規章制度的;
(3)嚴重失職，營私舞弊，對用人單位重點單位造成重大損害的;
(4)被依法追究刑事責任的。
用人單位可解除勞動合同，但應履行提前30日書面告知義務的情形有：
(1)勞動者患病或者非因工負傷，醫療期滿後，不能從事原工作也不能從事用人單位另行安排的工作的;
(2)勞動者不能勝任工作，經過培訓或者調整工作崗位仍不能勝任工作的;
(3) 勞動合同訂立時所依據的客觀情況發生重大變化，致使原勞動合同無法履行，經當事人協商不能就變更勞動合同達成協議的。
由上可見，儘管在兩種不同用工管理制度下合同的解除條件各有不同，但筆者認為，聘用合同制度下的合同解除制度突出了人力資源管理效率原則及聘用單位的用人自主權。此外，在賦予受聘人員或勞動者單方面解除合同的權利方面也有所不同，聘用合同制的相關規定更為細緻，將受聘人員升學、被錄用為公務員、服兵役等情形考慮了進去。
爭議的解決機制不同
在聘用合同制下，受聘人員與聘用單位因招聘、解聘、合同期內的考核、未聘安置、合同期限等發生的爭議，當事人任何一方可向上級主管部門申請調解和處理或者向人事爭議仲裁委員會申請仲裁，仲裁結果對雙方均有約束力。 在勞動合同制下，勞動者與用人單位間因訂立、履行勞動合同而發生的爭議的解決實行“一裁兩審”，即勞動爭議先由勞動爭議仲裁委員會裁決，不服裁決的任何一方可向法院提起訴訟。筆者在此需要說明的是：在聘用合同制下僅對認定聘用合同的效力提供了司法救濟的途徑，任何一方當事人可向人民院提起確認之訴，對於其他人事爭議的解決僅只能由上級主管部門調解處理或者由人事爭議仲裁委員會仲裁。當事人不服人事仲裁委員會的裁決的，不得向人民法院提起訴訟。另外，聘用合同制對人事爭議的申訴時限未予以明確，不僅影響了其在實踐中的適用，也在一定程式上降低了這一地方性立法應有的至上性，筆者對此不無感到遺憾。
總之，聘用合同制度與勞動合同制度相比較而言，雙方各有所長，各有利弊，各有側重。儘管兩者是兩種不同的人事用工管理體制，但它們在適應市場經濟形勢需要，保護勞動者利益的價值取向是一致的。筆者相信，隨著我國人事制度改革的不斷深入及勞動力市場的逐步開放，這兩者制度在適用上必將互相取長補短直至趨同。